Très linéaire, le site Natura 2000 des vallées du Tarn, du Tarnon et de la Mimente s’étend sur 10 514 ha autour des 3 cours d’eau dont il porte le nom.
Il se caractérise par une grande variabilité des conditions de milieu : fortes pentes, altitudes allant de 500 à 1500m, substrats géologiques diversifiés entre calcaire, granit, schistes. Il est parcouru par un chevelu hydrographique dense. Cela se traduit par une grande diversité des habitats naturels rencontrés sur le site Natura 2000 et en particulier des habitats naturels d’intérêt communautaire, ainsi que d’une grande richesse de la flore et de la faune associée.
6% de la surface est couvert par des milieux humides ou associés au cours d’eau, qui participent fortement à la préservation de la qualité de l’eau.
Les milieux ouverts couvrent 35% du site. Il s’agit de prairies, landes, pelouses, diversifiées en fonction de leur altitude et substrat géologique. Ces milieux sont entretenus par les activités agricoles. Cependant, certains espaces abandonnés évoluent vers la forêt.
Les forêts non plantées s’étendent sur 45% de la surface. Elles ont des physionomies différentes en fonction des essences en place (hêtraie, chênaie, châtaigneraie), de la gestion pratiquée, de l’historique.
Les milieux rocheux sont associés aux falaises et fortes pentes bordant les vallées.
Ces milieux accueillent de nombreuses espèces d'intérêt communautaire:
-Espèces liées aux milieux aquatiques et humides : Ecrevisse à pattes blanches, Cordulie à corps fin (libellule), Castor d’Europe et Loutre d’Europe
-Insectes liées aux vieux bois : Pique prune, Rosalie alpine, Grand capricorne, Lucane cerf-volant
- Chauves-souris : Barbastelle, Murin de Bechstein, Petit Rhinolophe, Grand Rhinolophe, Murin à oreilles échancrées, Grand Murin, Petit Murin, Rhinolophe euryale, Minioptère de Schreibers
Outre cette forte biodiversité, ce site est avant tout un territoire partagé et utilisé par de nombreux acteurs.
En fonction des différents types de milieux, un certain nombre d’activités humaines structurantes pour ce territoire rural habité de moyenne montagne s’exercent sur le site Natura 2000 des Vallées du Tarn, du Tarnon et de la Jonte : agro-pastoralisme, activité sylvicole, tourisme, activités de pleine nature (chasse, pêche…)…